История музея началась в 2003 году, когда представители гонконгского международного судоходного сообщества осознали парадокс: один из величайших портов мира не имеет собственного музея. Так был создан благотворительный фонд Hong Kong Maritime Museum Trust, и в сентябре 2005 года музей открылся для публики на первом этаже Мюррей-хаус в Стэнли — исторического здания колониальной эпохи, перевезённого по камням и заново собранного.

В 2009 году правительство одобрило переезд музея на Пирс № 8 на Централе. Три года интенсивных консультаций, реконструкций стоимостью 115 миллионов гонконгских долларов (частично профинансированных правительством), и 25 февраля 2013 года музей торжественно открылся на новом месте.

Сегодня музей занимает три этажа пирса, представляющих собою своеобразные палубы и включает 15 тематических галерей.
Одной из жемчужин коллекции является модель знаменитой китайской джонки «Циин», совершившей в 1846—1848 годах беспримерное плавание из Гонконга в Лондон, через Нью-Йорк. Капитан Чарльз Келлетт с чисто британской прагматичностью и беспринципностью, а также амбициозностью и энергичностью, построил классическую китайскую джонку, нанял экипаж из европейцев и китайцев, оформил документы на каботажное плавание в Сингапур и Джакарту. А сам повернул на запад и обогнул мыс Доброй Надежды. Побывав Нью-Йорке и Бостоне, через 2 года путешествия, он причалил в Лондоне. И «Циин» превратилась в аттракцион — десятки тысяч людей посетили корабль, оставляя свои фунты в карманах предприимчивого капитана. Сама королева Виктория посетила джонку. Помимо зарабатывания денег, капитан хотел доказать на практике, что китайские джонки успешно могут бороздить океаны.

Особенность музея — его многослойность. На нижнем этаже, в трюме, разворачивается история древнего Китая и традиционного мореплавания. Главный этаж с огромными окнами, выходящими на гавань, позволяет в реальном времени наблюдать за кораблями, которые вы только что изучали в экспозиции. Здесь же интерактивный симулятор позволяет посетителям попробовать себя в роли капитана, входящего в один из самых загруженных портов мира. На верхней палубе — кафе с террасой, где можно завершить путешествие, глядя на заходящие в гавань суда.

Музей существует на уникальной модели финансирования: правительство предоставило помещение и частично финансирует зарплаты, но большая часть средств поступает от частных пожертвований судоходных компаний и индивидуальных дарителей. Каждая галерея спонсируется определённой компанией или семьёй, что создаёт удивительный симбиоз коммерции и культуры.